1958年7月，为加快安徽建设，改变皖北地区人民群众缺医少药的局面，国家决定由原上海第二医学院（现上海交通大学医学院）以及安徽医学院（现安徽医科大学）援建创立蚌埠医学院。
学校是国家首批卓越医师教育培养计划试点高校、全国首批专科医师规范化培训基地、国家级大学生创新创业实践基地和国家级大学生校外实践教育基地、教育部临床医学“5+3”改革试点高校。学校是国家首批具有学士和硕士学位授予权单位，是教育部硕士研究生推免高校，是陆军军医大学、暨南大学博士研究生联合培养单位，是安徽省博士学位授予立项建设单位，是安徽省博士后岗位设置单位。
学校坐落于淮河流域重要的交通枢纽城市——蚌埠，濒临千里淮河，承山水涵养之灵气，传杏林济世之流芳,现有龙子湖校区、治淮校区、宏业校区、淮上校区和高铁校区，占地面积1751.8亩，是安徽省园林式单位和绿化模范单位，安徽省首届教育系统文明单位和安徽省第十一届文明单位。
学校现有教职医护员工近6000人（含直属附属医院），专任教师1054人，其中教授179人、副教授392人，硕士生导师909人、联合培养单位博士生导师29人，具有博士学位的教师322人，硕士学位的教师644人。学校有国家杰青、国家重点研发计划首席科学家、享受国务院和省政府特殊津贴专家等60余人，全国优秀教师、全国模范教师、省教学名师、教坛新秀等93人，省学术和技术带头人及后备人选、省特支计划、江淮名医等84人，皖江学者4人。学校拥有2所直属附属医院、9所非直属附属医院，承担了皖北地区近3000万人口医疗服务任务，辐射淮河流域和周边省份。
学校现拥有医学、理学、工学、管理学等学科门类，30个本科专业，全日制在校本科生12176名，硕士研究生2754名（含硕士留学生13人），有7个一级学科硕士学位授权点和7个硕士专业学位授权类别，临床医学、药理学与毒理学2个学科进入ESI全球排名前1%。学校拥有3个国家级一流本科专业、1个国家级特色专业、1个国家级综合改革试点专业、12个省级特色（一流、品牌）专业、11个省级综合改革试点专业，3个国家临床重点专科、4个省级重点学科、3个省级高校高峰（培育）学科、30个省级重点专科和重点培育专科、2个省级特色专科，4个省级诊疗中心，3个国家级科研平台，2个国家药物临床实验机构，省重点实验室、临床医学研究中心等省级平台6个，省人文社科重点研究基地等教育厅平台5个，1个国家级临床技能综合培训中心，9个省级示范实验实训中心，3个省级虚拟仿真实验教学中心，3个省级及以上人才培养模式创新实验区。
学校充分发挥高校科研人才优势，积极服务地方经济社会发展。近年来，学校先后承担省部级及以上科研项目1025项，其中，国家级科研项目32项；获省部级及以上科研奖励37项，2人获国家科学技术进步奖二等奖；获国家专利、软件著作权等知识产权244项，发表SCI、SSCI检索收录论文2471篇，其中在《Science》发表研究型论文2篇；主编国家规划教材13部，参编42部，公开出版发行《蚌埠医学院学报》《中华解剖与临床杂志》《中华全科医学》3种学术刊物。学校积极开展国内外学术交流活动，先后与美、法、德、日、澳、韩等国以及港澳台地区学术机构、高等院校建立了协作关系。
学校人才培养质量一直保持较高水平。近年来，临床医学专业毕业生国家执业医师资格考试年均总通过率高出全国平均通过率近8%。2012年以来，学校连续8届晋级全国高等医学院校大学生临床技能竞赛总决赛，荣获一等奖1次、二等奖5次、三等奖2次。2021年，学校临床医学、护理学双双荣获“第十届中国大学生医学技术技能大赛”全国总决赛银奖。2022年，学校获全国精神医学专业本科生临床技能大赛特等奖1项、全国大学生生命科学竞赛一等奖4项。学校医学专业覆盖面广，专业与就业岗位吻合度高，毕业生以“理论基础实、动手能力强、发展后劲足”深受用人单位欢迎，毕业生就业率位居安徽省前列。
学校始终坚持社会主义办学方向，贯彻党的教育方针，落实立德树人根本任务，把社会主义核心价值观贯穿于教育教学全过程。近年来，涌现出“最美列车女孩”林雪、路边救助突发心脑血管疾病老人的薛帅帅、冲下公交施救路边昏倒老人的计星胜、路遇伤者积极施救的周青、“最美列车教师”张静、安徽省道德模范闻仲等众多感动社会的先进人物。中央电视台多次专题报道，引发社会强烈反响，多名师生入选“安徽好人”。
65年来，学校大力弘扬“艰苦创业、严谨治学、精诚为医、团结奉献”的蚌医精神，秉承“笃学、精业、修德、厚生”的校训，传承上二医优良传统，在长期办学实践中，逐步凝练出“固本守教、教授施教、传帮带学、反复实践”的人才培养理念。培养出15万余名优秀医药卫生人才，其中既有以刘德培、段树民、陈孝平、王福生、范先群等5名院士为代表的医学领军人才，也有以教育部长江学者卢洪洲、国家杰出青年基金获得者卜军等为代表的杰出中青年学者和医学管理人才，以及以“白求恩奖章”获得者刘晓林为代表的大批基层优秀医务工作者，为增进人民群众健康福祉、促进区域经济社会高质量发展做出重要贡献。
2018年7月，学校第八次党代会提出建成“全国知名区域一流的高水平医科大学”的奋斗目标。当前，在校党委带领下，全校师生医护员工凝心聚力、苦干实干，为实现“全国知名区域一流高水平医科大学”的奋斗目标，为新阶段现代化美好安徽建设正不懈努力奋斗！
（2023年5月更新）